Думаю стоит сказать пару слов о том, как мы решили задачу написания интеграционных тестов. Опять-таки, это идея из прошлого проекта. В чём его суть? На нашем проекте мы используем CQS подход. Оперируем commands и queries. На уровне имплементации для этого мы используем MediatR (.net-девелоперы меня поймут, но для остальных в двух словах это такая библиотека в .net, которая как раз и позволяет удобно работать с этими абстракциями на основе intelligent dispatching и т.д.). Работая с этой библиотекой в основном оперируешь следующими понятиями/объектами: commands/queries и command/query handlers. Так вот, по всем теориям, подходам, примерам в GitHub в Clean Architecture и commands/queries и command/query handlers есть не что иное как UseCases, и соответственно должны относиться к Application Layer.